Pracovné skupiny boli v rámci o. z. NSS zriadené za účelom zefektívnenia činnosti. Zaradenie člena združenia má byť spravidla “ušité” na jeho mieru, aby sa mohol na základe svojich vlastností a schopností plne realizovať v rámci skupiny a tak dopomôcť k činnosti o. z. NSS v maximálne možnej miere. Jeden aktivista môže byť členom viacerých skupín, v odôvodnených prípadoch nemusí byť však v ani jednej.

Pracovné skupiny o. z. NSS sú tieto:

- ideová

- turistická

- historická

- mediálna

- ochrany prírody

- rekonštrukčno-pracovná

- zahraničných vzťahov

- vnútra

- výcviku

- obchodu

- pre styk s cirkvou a duchovenstvom

Každá pracovná skupina má svojho zodpovedného predsedu, ktorý sa  zodpovedá vedeniu o. z. NSS. Predseda pracovnej skupiny riadi členov pracovnej skupiny. Členovia pracovných skupín sa zodpovedajú predsedovi pracovnej skupiny, sú povinní vykonať jeho inštrukcie. Člen pracovnej skupiny je členom skupiny do odvolania. Predseda pracovnej skupiny je členom do odvolania. Členov pracovnej skupiny zaraďuje do skupiny aj odvoláva zo skupiny vedenie o. z. NSS, vedenie o. z. NSS tak môže urobiť aj na návrh členov skupiny, či predsedu skupiny. Predsedu pracovnej skupiny vymenúva a odvoláva vedenie o. z. NSS.